Syarat Primer PCR Yang Baik

Primer disebut juga oligonukleotida atau oligos merupakan asam nukleat beruntai tunggal pendek yang digunakan dalam teknik laboratorium tertentu misalnya inisiasi sintesis Deoxyribonucleic acid (DNA) dalam reaksi polymerase chain reaction (PCR). Dalam metode PCR, sepasang primer berhibridisasi dengan DNA sampel dan menentukan wilayah yang akan diamplifikasi, menghasilkan jutaan salinan dalam jangka waktu yang sangat singkat. Primer juga digunakan dalam DNA sequencing dan proses eksperimental lainnya.

Bagaimana syarat primer PCR yang baik?

Primer PCR harus disesuaikan dengan wilayah template DNA yang diminati dan juga kondisi reaksinya. Tidak seperti komponen master mix PCR lainnya, unutk mendapatkan primer tidak dapat membelinya begitu saja, tetapi perlu mendesainnya sendiri menggunakan alat desain primer. Berikut tools desain primer yang umum digunakan:

Mengenal Sequence formats [FASTA & FASTQ]

Sequence formats

Merupakan format file untuk menyimpan sequence nukleotida dan/atau urutan asam amino (protein).

FASTA

Format file FASTA merupakan format berbasis teks untuk mewakili atau merepresentasikan sequences asam nukleat protein menggunakan kode satu huruf untuk nukleotida atau asam amino. File FASTA dapat berisi satu sequence atau beberapa sequence. Jika file FASTA berisi banyak sequence, terkadang disebut sebagai file "multi-FASTA". Pada umumnya setiap sequence, ada dua baris:

1. Yang pertama adalah pengidentifikasi sequence, yang berisi informasi tentang sequence, didahului dengan simbol “>” (lebih besar dari), diikuti dengan deskripsi atau pengidentifikasi sequence. Sequence sebenarnya dimulai pada baris setelah deskripsi tersebut. Jika Anda mengambil urutan dari GenBank, SWISS-PROT, BLAS, atau database lain, pengidentifikasi akan mengikuti format standar.
2. Baris kedua dalam file FASTA adalah sequence nukleotida atau asam amino, menggunakan kode IUPAC satu huruf.